挑战自然顺序与宇宙秩序
道家哲学强调顺应自然，认为万物皆有其固有的法则和秩序。然而，从科学角度来看，这种观念显得过于简单化和静态。现代物理学提出了相对论，揭示了时空的相对性和引力场的作用；生物进化理论则说明了生命体在不断适应环境、演变成新的生态位过程中，其“顺应”是通过长时间内的选择压力逐步形成的，而非一开始就具有某种特定的“法则”。因此，我们可以提出一个问题：如果万物都遵循一定的规律，那么这些规律是如何生成并被维持的？这种生成与维持是否需要某些外部因素或力量？
批判无为而治思想
道家的政治理念强调无为而治，即政府应该保持极大的克制，不要干预民众生活，以达到社会安定。这一思想似乎忽视了权力的重要性。在现实世界中，没有任何国家能够长期有效地运用无为而治作为其统治策略，因为权力的分配总会导致冲突和权力斗争。而且，无为而治也可能导致腐败泛滥，因为没有足够的手段去监督官员行为。从另一个角度来看，无为而治还可能使得社会动荡不安，因为它缺乏有效管理机制。
质疑生命之本——气
在道家哲学中，“气”是一切事物存在基础，是一切运动变化之源头。但从现代科学来看，虽然我们知道地球上的一切生物都需要氧气进行呼吸作用，但这并不意味着古人对于“气”的理解就是正确或者直接等同于现代化学意义上的氧气。在科学研究中，对于材料构成、能量转换以及复杂系统功能等方面，我们已经有了更精确、更详细的地球科学知识。如果我们把这些放在一起考虑，就会发现“气”这个概念实在太过笼统，它无法解释生命现象中的复杂性。
反思心灵与身体关系
道家哲学认为心灵（意志）至高无上，与身体完全独立。然而，在现代心理学和神经科学领域，这样的划分被认为是不准确也不实用的。研究表明，大脑活动直接影响我们的情绪、决策以及行为模式，而且大脑活动也是由遗传基因决定的一个重要组成部分。这意味着心灵不能脱离身体，只是身体活动的一部分，而不是独立存在的事物。
分析个体与集体间关系
道家的个人修养非常注重个人内心追求真善美，以及达到一种超越世俗纷扰的心境状态。而这种追求往往忽视了个体在集体中的角色，以及集体给予个体支持与安全感这一基本需求。此外，从群居动物到人类社会，都证明了一旦放弃集体合作，将面临生存困难甚至灭绝风险。这一点也被经济理论所验证，即市场经济依赖于自由竞争，但同时也需要政府监管以防止市场失效的情况出现。